Zápočet z molekulární fylogenetiky. - 23.5.2007 (pokračování)
Pak jsem zapnul program PAUP a takto upravený soubor projel různými složitými metodami (metody mají velmi složité algoritmy, ale pro mě to znamenalo jen zadat potřebný příkaz, navíc jsme u sebe mohli mít poznámky, popř. hledat na netu), v zadání jsem měl, že musím porovnat výsledné stromy vzniklé několika metodami apod. Ovšem nastal problém. Sinice mi vyšly jakožto sesterská skupina bakterií, takže jejich příslušnost k bakteriím nebyla prokázána (viz obrázek). Na Wikipedii jsem si tedy našel hrubý stromeček bakterií a zjistil, které bakterie jsou sinicím asi nejpříbuznější, z nich jsem ve svém výběru neměl ani jedinou, proto mi sinice vyšly neprůkazně. Stáhnul jsem si tedy další asi tři geny od tří různých bakterií příbuzných sinicím (podle toho jednoduchého obrázku, např. rod Thermus) a zkusil to celé znova: alignment a analýzu v PAUPu. Teď už to vyšlo dobře (viz obrázek zkopírovaný z programu TreeView a pro lepší orientaci doplněný názvy skupin, aspoň vidíte, že jsou monofyletické), ještě jsem data v PAUPu zpracoval jinou metodou, stromeček vyšel trochu jinak, ale to, co jsem poptřeboval dokázat, dokazoval taky, ukázal jsem to prof. Hypšovi a získal zápočet.
To, co se mi stalo s těmi sinicemi, tj. že vyšly jakožto sesterská skupina bakterií a nikoliv uvnitř, je učebnicový příklad toho, na co je potřeba si dávat pozor. Proto se takovéto studie dělají s větším počtem druhů, protože když vám vyjdou dva druhy vedle sebe, nemůžete zjistit, jestli ten jeden patří do nějaké velké skupiny reprezentované tím druhým, nebo jestli patří mimo jakožto sesterská skupina té velké (viz obrázek).