Pracuji na Parazitologickém ústavu. - 14.11.2006
Ve chvílích volna chodím na Parazitologický ústav Akademie věd, který je dlouhou chodbou spojený s naší školou, sedím na počítači a porovnávám genomy bakterií. Z tzv. Genbanku si stahuju sekvence genů, které potom porovnávám. Zatím jsem porovnal chromozómové geny symbiotických bakterií rodu Buchnera a Wigglesworthia (Buchnera aphidicola žije v mšicích, Wigglesworthia glossinidia v mouše tse-tse). Mají kolem 600 genů. Teď pracuju na porovnání genomu buchnery a známé bakterie Escherichia coli; ta má zhruba 4,5 tisíce genů. Všechny tři bakterie jsou si příbuzné, jak je ale vidět, při přechodu od volného způsobu života (Escherichia) k endosymbióze došlo k redukci genů. Cílem výzkumu je ukázat, jestli k redukci genů došlo jednou (pak by si byli Buchnera a Wigglesworthia příbuznější, než kterákoli z nich k escherichii) nebo opakovaně, např. zvlášť u buchnery a zvlášť u wigglesworthie. Roli samozřejmě hrají i další příbuzné jak volně žijící tak endosymbiotické bakterie, se kterými jsem zatím ještě nepracoval, např. bakterie s nejmenším známým genomem (182 genů, 160 kilobází nukleotidů) - Carsonella rudii. Pro potvrzení skupiny, která by obsahovala zároveň buchneru a wigglesworthii, nikoliv však E. coli musím hledat tzv. synapomorfie, tj. věci, které mají Buchnera a Wigglesworthia společné a liší v nich od E. coli. Vysvětlení vám podá jednoduchý obrázek. Po porovnání genů ještě přijde práce s porovnáním sekvencí nukleotidů ("písmen genetické abecedy") pomocí sady programů DNAstar. Doc. Hypša tvrdí, že pokud dospějeme k něčemu zajímavému, což by se mohlo snadno stát, mohli bychom to publikovat.